■内容
表題の通り

■手順
1.デザイン→テンプレートを選択
2.「インデックス」テンプレートを「新規作成」
3.テンプレート名を「test」、テンプレートの内容を下記「テンプレート」内容、ファイル名を「test.html」にして「プレビュー」

■期待する結果
hoge! hoge! hoge!

■実際の結果
moga! moga! hoge!

■補足
リファレンスに記載は無いものの、期待値としては添字/キーも含めて引き継いで欲しい気がします。
ElseIfのほうにも都度key/indexを指定すると回避できる事は確認しています。

■テンプレート
<mt:Var name="hsh" key="ky" value="hoge">
<mt:If name="hsh{ky}" eq="fuga">
fuga!
<mt:ElseIf eq="hoge">
hoge!
<mt:Else>
moga!
</mt:If>
<mt:Var name="arr" index="1" value="hoge">
<mt:If name="arr[1]" eq="fuga">
fuga!
<mt:ElseIf eq="hoge">
hoge!
<mt:Else>
moga!
</mt:If>
<mt:Var name="normal" value="hoge">
<mt:If name="normal" eq="fuga">
fuga!
<mt:ElseIf eq="hoge">
hoge!
<mt:Else>
moga!
</mt:If>